臨床細菌實驗室的主要工作是從臨床標本中分離出病原菌并進行準確鑒定，同時指導臨床合理應用藥物，為臨床診斷、治療、預后和流行病學調(diào)查以及醫(yī)院內(nèi)感染的監(jiān)控提供可靠的依據(jù)。絕大多數(shù)標本中不僅僅分離出一種細菌，并不是所有分離到的細菌都要逐一進行鑒定。另外，鑒定細菌的試驗項目及方法很多，對一種細菌的鑒定也不需要做所有的試驗。所以，對于不同來源的標本了解應該鑒定哪些細菌以及鑒定到何種程度，選擇哪些必要的試驗項目，對正確地完成細菌鑒定工作是十分必要的。
一、診斷對象和診斷目的
感染性疾病病原菌的種類不斷發(fā)生變遷，過去威脅人類的傳染病如鼠疫、霍亂、白喉等已明顯減少，相反，由條件致病菌引起的內(nèi)源性感染卻明顯增多。同時，新的病原菌不斷出現(xiàn)，原有的病原菌因變異、耐藥等又重新流行。目前，醫(yī)院臨床實驗室遇到的主要是條件致病菌，它們在機體抵抗力下降，菌群失調(diào)或天然屏障防御功能被破壞時引起感染。正常菌群與國家醫(yī)學網(wǎng)病原菌的致病性差異是相對的，既不要輕易認為從病人標本中分離出的非致病菌是污染菌，也不要輕易認為所發(fā)現(xiàn)的細菌就是該感染的病原菌，必須結(jié)合臨床進行進一步的診斷。
了解標本來源，有助于對病原菌的正確診斷。機體的某些部位是無菌的，如檢到細菌即可視為病原菌，如血液、腦脊液、骨髓等。對于存在正常菌群的部位，應區(qū)別標本中是致病菌還是常居菌群的污染，如痰標本，咳出時必經(jīng)過存在大量正常菌群的口咽部，了解口咽部常居菌群的種類對正確挑選致病菌是必要的。一種細菌鑒定到哪一水平，取決于診斷的目的。
1．以疾病的病原學診斷為目的
一般情況下只需鑒定到細菌的種，必要時再進一步鑒定。
2．為提供治療方案為目的
可以進行臨床標本的直接藥物敏感試驗，還可根據(jù)分離出病原菌的種類直接提供選擇抗生素的范圍和種類。因為不少細菌對某種藥物有天然耐藥性，如肺炎克雷伯菌對氨芐青霉素耐藥，洋蔥伯克菌對慶大霉素耐藥。由于細菌耐藥性的產(chǎn)生及變遷，使傳統(tǒng)上對某一細菌首選敏感藥物卻成為耐藥性最強的藥物，如M RSA 對青霉素的耐藥。基于此種情況，臨床上對分離的病原菌都要作進一步的藥敏試驗，以期提供更可靠的治療方案。
3．以作流行病學研究為目的
必須對病原菌做進一步的鑒定，往往要鑒定到型（血清型或基因型) 的水平。只有這樣才能明確傳染源的所在。
4．以了解細菌與感染的關(guān)系為目的
一種類型的感染可以由不同種細菌引起，一種細菌也可以引起多種類型的感染�，F(xiàn)已知以前那些曾經(jīng)被認為不致病的細菌在某些情況下會引起人體的感染。要了解這類細菌的致病性，必須進行細致的鑒定。
二、診斷試驗選擇
鑒定一個細菌，盡可能用一個菌落做全部鑒定試驗。如果一個菌落不夠，應考慮采用純培養(yǎng)，即挑取單個菌落接種于斜面培養(yǎng)基，經(jīng)過培養(yǎng)即可獲得大量純培養(yǎng)物。
對一株細菌準確鑒定應綜合多種特性進行分析。但臨床實驗室每天要處理大量標本，且由于經(jīng)濟原因不可能做很多種試驗，進行全面分析鑒定，因而需要選擇一些合理的試驗項目用于常規(guī)檢測。挑選試驗應以既能完成病原學鑒定又使試驗項目盡可能少而快速為原則。
1．選擇有鑒定價值的試驗
要對兩種細菌進行鑒別，須選擇一項兩種菌呈現(xiàn)絕然不同結(jié)果的試驗，即一種菌呈現(xiàn)陽性（陽性反應的菌株陽性率須大于90 ％)，另一菌為陰性（陰性反應的菌株陽性率應小于10 ％)，這項試驗才有鑒定價值。否則，就沒有鑒定價值。比如，在腸桿菌科鑒定中，選用苯丙氨酸試驗可將變形桿菌屬與其他菌分開，選用葡萄糖酸鹽試驗將克雷伯菌屬與其他菌分開，而選蔗糖、麥芽糖等試驗幾乎無價值。
2．選擇簡易、快速、方便的試驗
①鑒定一種細菌可能有多種特異的方法，沒必要逐一進行試驗，只選其中一或兩種達到目的即可，多選無意義。如金黃色葡萄球菌凝固酶試驗、耐熱D N A 酶試驗、甘露醇分解試驗均陽性，只選較簡單的凝固酶試驗就足夠了。② 選擇操作簡便、快速的方法。如鞭毛染色、觸酶、氧化酶、血漿凝固酶試驗及一些微量方法，這樣既省時又經(jīng)濟。③選用復合培養(yǎng)基，一次操作可同時看幾個生化反應， 如克氏雙糖鐵（KIA )，動力靛基質(zhì)脲酶（MIU)等。如此可簡化操作，節(jié)約人力物力。
3．綜合考慮試驗的敏感性和特異性
敏敏感性＝所有陽性結(jié)果數(shù)／所有感染病人數(shù)， 試驗敏感性越高，假陰性結(jié)果就越少。特異性＝陰性結(jié)果總數(shù)／未感染病人總數(shù)，特異性越高，假陽性結(jié)果越少。試驗的敏感性和特異性是相互聯(lián)系的，試驗的敏感性增加，會使特異性下降，反之亦然。
三、常用診斷流程
完成一個細菌的鑒定要做多項試驗，將結(jié)果與醫(yī)師招聘網(wǎng)已知的細菌特性進行比較，才能最后確定。在選擇試驗項目以及分析試驗結(jié)果時應遵循一個合理且思路清晰完整的思維模式，避免不必要的重復，少走彎路。因此，在臨床細菌鑒定中常借用一些簡便的流程和方法。
1．雙歧索引
在細菌的鑒定中經(jīng)常選用的方法。主要針對那些相互區(qū)別比較容易，有較特殊特征的細菌。雙歧索引是表明鑒定思路的一種流程，使用起來非常方便。如革蘭陰性桿菌初步分群的鑒定流程（圖1)。
對于相互區(qū)別較難的細菌，鑒定項目較多，雙歧法會很繁瑣，用起來不太方便。
2．表解法
將各種細菌及其多種特性列成矩陣表格，使相互的區(qū)別點十分明顯， 便于分析比較。此法對于相互區(qū)別比較復雜的細菌，如腸桿菌科的初步分屬（表58 －1)。
表1 腸桿菌科初步分屬
3．數(shù)字編碼鑒定法
編碼是即將所得生化反應模式轉(zhuǎn)化成數(shù)學模式，可以把某一細菌的全部生化反應結(jié)果轉(zhuǎn)化成數(shù)字，經(jīng)查閱檢索手冊又可將該數(shù)字轉(zhuǎn)化成細菌名稱。編碼的原則是：鑒定細菌的各種微量生化反應管組成系列試劑，將生化項目排序并依次進行分組，每組中的每個試驗都有其一個數(shù)值代碼。試驗陽性時結(jié)果用其數(shù)值代碼表示，試驗陰性時結(jié)果則用0 表示，將每組中各試驗結(jié)果加起來得一總值，這樣按順序各組總值組成的數(shù)碼組合，即為檢索編碼。查編碼手冊，該編碼所對應的細菌名稱即為鑒定結(jié)果。如表2 所示腸桿菌科細菌生化編碼鑒定。
表2 腸桿菌科細菌生化編碼鑒定表
根據(jù)試驗結(jié)果判定數(shù)碼組合為13766 ，查編碼手冊， 即可找到對應的細菌。數(shù)字編碼鑒定已有商品成套供應，由于操作簡單，鑒定方法易于掌握， 被臨床實驗室廣泛采用；而且這種數(shù)碼分析與電腦分析軟件配套，形成了半自動或全自動細菌分析系統(tǒng)。
