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3.1、編輯出版單位不同
《總覽》由北京大學(xué)圖書館與北京高校圖書館期刊工作研究會聯(lián)合研制而成，屬于民間性質(zhì)；而《統(tǒng)計源期刊》由國家科技部委托中國科技信息研究所完成，具有一定官方性質(zhì)。
3.2、學(xué)科分類原則不同
兩者都采用分學(xué)科統(tǒng)計評價指標(biāo)數(shù)據(jù)的方法。學(xué)科劃分對期刊評價結(jié)果影響很大，學(xué)科劃分過大，小學(xué)科學(xué)術(shù)性強的期刊會被淹沒；劃分過細(xì)，小學(xué)科的一般性期刊就會進(jìn)入核心區(qū)�！犊傆[》基本依據(jù)《中國圖書館分類法（第4版)》劃分學(xué)科，同時考慮學(xué)科期刊的數(shù)量、期刊性質(zhì)等多種因素，共設(shè)學(xué)科類目74個�！督y(tǒng)計源期刊》則根據(jù)國家技術(shù)監(jiān)督局發(fā)布的學(xué)科分類國家標(biāo)準(zhǔn)和《中國圖書資料分類法（第4版)》的學(xué)科分類原則，同時考慮綜合性期刊情況及各學(xué)科期刊數(shù)量與學(xué)科性質(zhì)差異，增設(shè)了綜合類和理工大學(xué)、工業(yè)綜合類、管理學(xué)類，對農(nóng)業(yè)學(xué)科及醫(yī)藥衛(wèi)生類學(xué)科作了進(jìn)一步細(xì)分，共設(shè)55個學(xué)科類目醫(yī).學(xué)全.在.線網(wǎng)站m.zxtf.net.cn。
3.3、期刊的來源與范圍不同
《總覽》以52種數(shù)據(jù)庫或文摘刊物作為評價指標(biāo)統(tǒng)計源，統(tǒng)計文獻(xiàn)量總計達(dá)943萬篇，涉及期刊1.2萬種，通過多指標(biāo)綜合評價的定量評價方法及定性評價，取各學(xué)科專業(yè)期刊數(shù)量的15%和進(jìn)入統(tǒng)計的期刊數(shù)量的2%，共評選出1798種核心期刊。覆蓋的學(xué)科范圍廣泛，包括社會學(xué)科（社會學(xué)、政治、法律、軍事、經(jīng)濟、文化教育、歷史等)與自然學(xué)科（醫(yī)藥、農(nóng)業(yè)、工業(yè)技術(shù)等)，但未收錄港、澳、臺及國內(nèi)出版的英文刊物。
《統(tǒng)計源期刊》來源期刊的選擇綜合參考了國外重要檢索數(shù)據(jù)庫收錄國內(nèi)期刊的情況及國內(nèi)已有文獻(xiàn)計量分析成果、國內(nèi)大型檢索工具、各學(xué)會學(xué)報及其重要期刊等各種期刊表，并征詢了專家意見，每年根據(jù)期刊文獻(xiàn)的被引用情況等因素對來源期刊表進(jìn)行一定的調(diào)整。期刊入選原則是：①期刊文獻(xiàn)的同行評審；②期刊文獻(xiàn)計量指標(biāo)；③期刊的社會和學(xué)科影響；④期刊文獻(xiàn)是否反映了本學(xué)科的研究成果；⑤照顧新興學(xué)科和高技術(shù)學(xué)科；⑥適當(dāng)?shù)牡貐^(qū)性考慮；⑦在國際和國內(nèi)的顯示度。《統(tǒng)計源期刊》僅包括國內(nèi)出版的科技類期刊，包括國內(nèi)出版的英文刊物，但不包含社會學(xué)科期刊。
3.4、評價指標(biāo)體系不同
《總覽》采用定性與定量相結(jié)合的方法，核心期刊選擇了52種數(shù)據(jù)庫或文摘刊物作為評價指標(biāo)統(tǒng)計源，評價指標(biāo)體系由7個評價指標(biāo)組成：被索量、被摘量、被引量、他引量、影響因子、被摘率、獲獎或被重要檢索工具收錄。專家定性評審力度大，共選聘1871位評審專家參加了核心期刊的評審。而《統(tǒng)計源期刊》定性評價力度相對小，雖然經(jīng)過一定的同行評審，但以定量研究為主，強調(diào)研究結(jié)果的客觀性。2004年評價計量指標(biāo)選擇了兩部分共15項指標(biāo)：①期刊引用計量指標(biāo)：總被引頻次、影響因子、擴散因子、引用期刊數(shù)、即年指標(biāo)、他引率、被引半衰期。主要顯示期刊被讀者使用和重視的程度，以及在科學(xué)交流中的地位與作用。②來源期刊計量指標(biāo)：來源文獻(xiàn)量、參考文獻(xiàn)量、平均引用率、平均作者數(shù)、地區(qū)分布數(shù)、機構(gòu)數(shù)、國際論文比、基金論文比。通過來源文獻(xiàn)的統(tǒng)計分析，全面描述該期刊的學(xué)術(shù)水平、編輯狀況和科學(xué)交流程度。
3.5、收錄期刊數(shù)量不同
《總覽》核心期刊表收錄期刊總數(shù)1798種，其中生物科學(xué)類44種，醫(yī)藥衛(wèi)生類223種�！督y(tǒng)計源期刊》收錄期刊總數(shù)1576種，其中生物科學(xué)類51種，醫(yī)藥衛(wèi)生類423種。223種生物醫(yī)學(xué)期刊既是《總覽》中確認(rèn)的核心期刊，又是統(tǒng)計源期刊。兩者在特種醫(yī)學(xué)、耳鼻咽喉、皮膚、神經(jīng)病學(xué)與精神病學(xué)、腫瘤學(xué)、兒科、婦產(chǎn)科、口腔醫(yī)學(xué)、外科、皮膚與性病等學(xué)科類目中所收刊種完全一致。
3.6、出版周期不同
《總覽》每4年出一新版，出版時間比數(shù)據(jù)統(tǒng)計大約滯后2.5年，反映期刊變化不夠及時。《統(tǒng)計源期刊》每年更新，能夠較快反映期刊發(fā)展動態(tài)醫(yī).學(xué)全.在.線網(wǎng)站m.zxtf.net.cn。
3.7、對綜合性學(xué)科與邊緣性、交叉性學(xué)科期刊評價效果不同
由于《總覽》是分學(xué)科評價的，因此綜合性和交叉學(xué)科期刊會因為刊載的論文學(xué)科分散而難以進(jìn)入核心期刊表。2000年版開始通過增加綜合性學(xué)科類目，將綜合性期刊分散在各學(xué)科的數(shù)據(jù)匯總一起進(jìn)行評價，產(chǎn)生綜合性核心期刊表，較好解決了綜合性期刊問題。但邊緣性、交叉性學(xué)科的優(yōu)秀期刊進(jìn)不了核心區(qū)的問題仍未能很好解決。
《統(tǒng)計源期刊》選擇入選期刊時給新興學(xué)科和高技術(shù)學(xué)科一定考慮，并適當(dāng)照顧期刊的地區(qū)性。
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