第二，汲取現(xiàn)代科學的思想方法理論。
中醫(yī)對現(xiàn)代科學的思想方法理論的遠離，給人以落伍之感。即便在當今高等院校授業(yè)的中醫(yī)理論體系里，也無關于思想方法論方面的課程。這使年輕的中醫(yī)學子無法系統(tǒng)地認識中醫(yī)的科學性，他們往往只是憑借自己的感觸和信念，來堅信中醫(yī)是科學的，但卻始終說不出個所以然來。這是問題的癥結所在。
從歷史的目光看，中醫(yī)形成于中國的古代，那時，人類的精確科學十分落后，類似于西醫(yī)這樣的“精確醫(yī)學”當然不具備產生和發(fā)展的科學條件。這既決定了中國的古人們只能創(chuàng)立中醫(yī)這樣的模糊科學，也導致和促進了古人們?yōu)橹尾《μ剿髦嗅t(yī)這一模糊科學。
另一方面，中國古代是一個重文科輕理科的社會，這種重文輕理的突出表現(xiàn)，就是科舉考試的內容均屬文科。而導控中國古代學習氛圍的，正是科舉取仕這種引導人們重文輕理的“應試教育”。這樣，精確科學在中國古代的土壤上一直成為短腿，至少形不成氛圍。而高度的東方智慧，則使無需精確科學支撐的中醫(yī)不斷發(fā)展，以至于足以為民族的健康事業(yè)提供保障。就是說，高度發(fā)達的中醫(yī)，也抑制了人們創(chuàng)設西醫(yī)的思維，是西醫(yī)之所以成為“西”醫(yī)的原因。
西醫(yī)是隨著近代科學的蓬勃發(fā)展而在西方贏得繁榮發(fā)展的，并因植根于西方近代科學而披上“天然科學”的外衣的。而可以為模糊科學的科學性作出科學解釋的非決定論思想方法，是在上個世紀下半葉才真正在科學天府扎下根基的，在此之前，要讓人們接受模糊科學的思想方法，也實非易事。所以，隨著“天然科學”的西醫(yī)闖進東方這塊古老的土地，崇尚科學但卻又對科學方法論缺乏全面認識的人們，便自然而然地要把與精確科學思維截然不同的中醫(yī)推向“偽科學”的序列了！我們不妨看一看方舟子《中醫(yī)向何處去？》一文中的一段話——
雖然中醫(yī)已經不可避免地衰落，但是我們仍然有必要深入地分析、揭示中醫(yī)理論的非科學性和濫用中藥的危險性。中醫(yī)歷來就有夸夸其談、大言不慚的傳統(tǒng)，也就是魯迅所說的“江湖訣”（《華蓋集續(xù)編·馬上日記》)。歷史上的許多“名醫(yī)”其實是“名嘴”。時至今日，這一遺毒仍未消除。這一特征，使得中醫(yī)理論和方法在今天仍然是醫(yī)療欺詐的溫床。無數(shù)號稱能治療晚期癌癥、艾滋病、乙型肝炎的虛假廣告都是打著中醫(yī)的旗號，并利用患者對中醫(yī)的輕信而得逞的。做這類虛假廣告的，不僅僅是江湖郎中，而且也包括正規(guī)醫(yī)院、高校的中醫(yī)師，甚至是在中醫(yī)界被視為“泰斗”的人物。
大言欺世畢竟只能得逞于一時，在信息發(fā)達的今日更難以持久。靠政策保護、訴諸民族感情，最終也不可能振興中醫(yī)。世界上沒有哪個國家像中國這樣幾十年來花費了大量的資源來保護本國的傳統(tǒng)醫(yī)學，但是這并沒有讓中醫(yī)獲得新生。要求讓中醫(yī)完全回歸傳統(tǒng)的復古思潮乃是一種倒退，更不可能讓中醫(yī)向前發(fā)展。中醫(yī)的唯一出路是“廢醫(yī)驗藥”，廢棄其非科學的理論體系，用現(xiàn)代醫(yī)學方法檢驗中藥和其他中醫(yī)療法的有效性和安全性。
不管用通行的哪條科學標準來衡量，例如可檢驗性、可證偽性、可測量性等等，都很容易判斷中醫(yī)理論體系不是科學。一直有人希望取消這些標準，聲稱這是用西方科學的標準來衡量“東方科學”，這種借口是站不住腳的。科學雖然起源于西方，但是早已傳遍全世界，成為全人類的共同財富，并無東西之分。與中醫(yī)相似的西方傳統(tǒng)醫(yī)術和另類醫(yī)術同樣不被認為是科學，我們并沒有采用雙重標準。我們要判斷某個理論體系是否屬于科學，應該采用公認的科學檢驗標準，而不應該先入為主地認為中醫(yī)是科學，而倒過來要求改變乃至取消科學的檢驗標準。如果為了讓中醫(yī)成為科學而去改變、取消科學的檢驗標準，那么就會模糊、混淆了科學與非科學、偽科學的界限，讓風水、占星術、算命等等也跟著變成科學。
應該說，方舟子先生捍衛(wèi)科學和科研純潔性的主張值得提倡，其勇于開展科學打假的精神也確實令人為之敬佩，上述認為中醫(yī)非科學性的評判雖然有些言辭偏激，但也顯示了他科學打假的勇氣和決心，應該獲得理解。至于他對中醫(yī)非科學性的結論，顯然是其思想單單在“精確科學”范疇打轉所致，是其自身對科學的思想方法理論之功力不濟。但對中醫(yī)自身來說，事情是明擺著的：要讓中醫(yī)這門古老的科學躋身于現(xiàn)代科學之林而不被輕視和誤殺，我們不僅要做到知其然，還要做到知其所以然。這就是要眼觀六路耳聽八方，積極汲取西學中的思想方法論之成果，向世人闡明西醫(yī)科學在哪里，中醫(yī)又科學在哪里，并闡明兩者科學精神的不同特點，而無需讓人們憑借方先生所說的“民族感情”之類的信念來認定中醫(yī)的科學性。
